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重组克隆总连不上,我emo了
2023年02月06日
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为了解决传统克隆背景高、酶切位点限制等问题,同源重组克隆强势出圈,用含有同源臂的引物连接载体和插入片段,本应完美解决传统克隆的问题,顺利进行克隆实验,但实际操作过程中还是经常会出现连不上的情况,到底哪里出了问题呢,让我们先从引物这里找找答案吧。


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酶切位点:可以保留,可以不保留,根据后续实验需求而定;

特异性引物:进行插入片段的PCR扩增,使得插入片段带上同源臂;

同源臂:利用重组引物的特异性引物片段进行插入片段的扩增,此时插入片段连接了同源臂,后续在重组酶的作用下,将插入片段连到载体上。

其中同源臂是非常重要的部分,它决定着是否能够将插入片段连到载体上。

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别着急,设计是这么设计了,但有没有按要求设计呢?


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 长度:15-20 bp

 位置:载体序列末端

 GC含量:40%-60%

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为什么这么多要求啊,我不能自由发挥吗?

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no no ,任性是要付出代价的,请往下看  


✦ 同源臂太短(<13 bp)没有连接活性,连接不稳定,会断开。

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✦ 同源臂太长(>25 bp)重组酶切不到那么多,连不上。

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✦ 同源臂不在载体末端,重组酶切不到可以连接的序列位置,连不了。
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✦ 当同源臂设计符合要求时,完美连接。

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至于GC含量,Vazyme小课堂为你解答。


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Buff已加持,接下来就是展现技术的时刻了。


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