蛋白质与DNA之间的相互作用蕴含了众多生物学信息,在蛋白质与DNA互作研究当中,ChIP-seq当属经典技术,但其也存在一定弊端,如每次实验需要大量细胞(至少需要百万级),实验耗时长且重复性差,对没有相关实验经验的人来说失败率极高。由此,CUT&RUN、CUT&Tag技术应运而生,只需要少量的细胞、更短的实验过程即可获得与ChIP-seq相似的结果,且下机数据背景低、组间重复性好。技术问世后,短时间内就已获得大量相关应用文章发表,真正做到助力科研,成就价值!
为大家解决实验中的难题是小V一直以来的努力方向。当然此次也不辱使命,为大家带来了新款CUT&Tag试剂盒——Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for Illumina Pro(Vazyme #TD904),以及大家期待已久的CUT&RUN技术应用产品:Hyperactive pG-MNase CUT&RUN Assay Kit for PCR/qPCR(Vazyme #HD101)及Hyperactive pG-MNase CUT&RUN Assay Kit for Illumina(Vazyme #HD102)。
产品基本信息
● Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for Illumina Pro(Vazyme #TD904)是Vazyme 最新款的CUT&Tag建库试剂盒,基于前代明星产品Vazyme #TD903升级而来,兼容细胞量低至10个,同时能够有效提取小于120bp的小片段产物,并且添加DNA Spike-in组分,用于校正组间差异。更便捷、更高效、更准确的Vazyme #TD904现已升级上市!
●Hyperactive pG-MNase CUT&RUN Assay Kit for PCR/qPCR(Vazyme #HD101)与Hyperactive pG-MNase CUT&RUN Assay Kit for Illumina(Vazyme #HD102)是姊妹产品,前者为CUT&RUN定量试剂盒可替代ChIP-qPCR,而后者则是CUT&RUN建库试剂盒,不同产品满足众多科研工作者的不同需求。
● CUT&RUN技术相较于CUT&Tag成本更低,能够对常染色质、异染色质进行无差别切割,对位于异染色质上的靶位点具有比CUT&Tag更好的切割效果;而CUT&Tag应用范围更广,且起始细胞量投入更低,因此CUT&Tag与CUT&RUN技术在研究蛋白质与DNA互作中都能发挥其独特作用,可以根据实验需求进行选择。
TD904产品亮点
✦ 样本起始量更低:
技术升级,兼容更低的细胞投入量
✦ pA/G-Tnp升级:
精准靶向,切割效率高,背景低
✦ 提取模块升级:
提取磁珠新升级,有效回收小片段
✦ 添加Spike-in:
数据标准化,减少实验误差,矫正组间差异
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1. 兼容低细胞投入
针对低起始量的293细胞(10、25、50、100 cells),使用TD904以H3K4me3为目的蛋白进行CUT&Tag实验,通过Agilent 2100 Bioanalyzer进行文库分布检测。结果显示,对于低细胞投入量,TD904均可构建出相似的ladder状的文库,说明TD904能够兼容低细胞起始量的实验;同时,pA/G-Tnp 和DNA提取磁珠的联合升级,使靶向切割更加精准,重复性更好;升级后的提取磁珠能够有效的回收小片段,蛋白质-DNA互作信息更完整。
图1.投入10、25、50、100 cells后的文库片段分布
图2. TD904低细胞投入的IGV全局视图
2. 小片段富集优势
以293细胞为样本,投入100个细胞,以H3K4me3为目的蛋白,针对长度<120 bp的插入片段进行分析。结果显示,长度<120 bp的插入片段文库能够提供有效数据,TD904能够有效回收小片段,并获得有效信息。
图3.插入片段<120 bp的IGV视图
HD101&102产品亮点
✦ 实验流程简单:
包含DNA提取模块,告别酚氯仿抽提。
✦ 产品性能好:
常/异染色质无差别切割,实验结果更真实。
✦ 结果更准确:
含有Spike-in组分,校正组间差异。
✦ 区分下游实验:
可建库可qPCR,满足不同实验需求。
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(1)目的蛋白兼容性
以10,000和100,000个239细胞为样本,在不同靶蛋白体系中,针对不同的目的基因富集片段设计多种qPCR引物,均可以成功进行qPCR扩增。结果表明HD101可兼容不同类型、不同丰度的靶蛋白,目的基因片段富集效果良好。
图4.293细胞中H3K4me3、H3K27me3、CTCF、Ezh2互作DNA的富集程度
(2)Spike in DNA校正组间差异
通过梯度投入Spike in DNA(1 pg / 10,000 cells)对不同细胞投入量测得的CT值进行均一化校正,校正后的CT值差值小于1,目的基因富集程度趋于一致。因此,使用本试剂盒提供的Spike in DNA即可实现样本间的均一化校准。
图5.Spike in DNA校正前后CT值的比较
更多数据详见官网:https://www.vazyme.com/product/713.html
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(1)优质的文库产出
参照Vazyme #HD102 实验流程对不同丰度靶蛋白进行CUT&RUN文库构建。在不同组蛋白和转录因子体系中,HD102文库产出稳定,文库峰型呈现典型的Ladder状分布,HD102精准靶向和高效切割的特性保证了优质的文库产出。
图6.HD102 文库峰型
(2)高质量的下机数据
以100,000个K562细胞为样本,参照HD102实验流程对不同丰度靶蛋白进行CUT&RUN文库构建, IGV 视图显示 HD102 在关键位点上的富集情况与 ATAC 和 CUT&Tag一致,且在 mRNA-seq 中可以找到相应基因位点,实验结果真实可靠。
图7.HD102 IGV全局视图
更多数据详见官网:https://www.vazyme.com/product/714.html
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