在实验过程中,除了选错了提取方法,以下情况相信你也遇到过:植物 RNA 难提取?样本细胞壁难裂解?提取核酸产率低,纯度差等令人苦恼的难题?
如何攻克提取难点,提高实验成功率?其中关键是了解样本内在理化性质!不同样本类型也会对提取过程产生重要影响。实验中提取样本种类繁多,类型广泛,如植物、动物各类器官组织、血液、FFPE、以及与动物相关的细菌等等。每类样本都有不同特点,核酸提取难度也不同。本次我们整理了多种常见样本的理化性质特点,希望帮助大家更好的完成核酸提取:
植物样本是较难提取的样本之一,主要原因是其具有细胞壁,而细胞壁由糖类和纤维素组成,裂解困难。不仅如此,植物样本多数富含多糖多酚,也为核酸提取增加了难度。
多糖多酚-样本成分复杂
多糖普遍存在于自然界植物体中,包括淀粉、纤维素、多聚糖、果胶等,其性质与RNA相似,在提取过程中容易和RNA一起沉淀,难以去除;在沉淀RNA时,多糖往往会产生胶状沉淀,进而影响后续实验的酶活性。
多酚普遍存在于果实及木本植物各组织中,含量高低排序:成熟组织 > 幼嫩组织,针叶植物 > 落叶植物。多酚还原能力强,易被氧化为醌类物质,醌类物质易与RNA结合,导致RNA活性丧失;其易与核酸和蛋白发生不可逆结合,使核酸失去活性,在提取过程中与蛋白及核酸共沉淀,形成不溶性化合物。
这些都会为植物样本提取过程中增加不少难度。
找对“病因”是基础,选对“药物”是关键,针对纷繁复杂的植物样本选对试剂是实验成功的关键一步,为排解您的苦恼,Vazyme深情推出植物提取产品:
目前Vazyme已优化解决以下植物样本:
FFPE样本指人或者动植物组织样本利用福尔马林固定、石蜡包埋形成的石蜡切片或者石蜡块样本。其对保存组织结构效果较好,但会造成各种DNA损伤。石蜡可阻碍消化液对组织的渗透,从而影响蛋白酶K与组织内蛋白的接触,影响组织消化和DNA释放。使用福尔马林固定的FFPE样本,福尔马林会使核酸与蛋白发生交联作用,影响提取的核酸质量;还会引起碱基脱嘌呤,从而破坏DNA 双链的稳定性。
另外,FFPE样本浸蜡与包埋时需要加热到62℃左右,此时DNA部分解链,组织内残留的甲醛可对解链后的DNA单链进行甲基化修饰,修饰后的DNA单链在冷却后不易复性,容易降解。
针对FFPE提取特点,Vazyme倾情推出以下解决试剂盒:
细菌分为革兰氏阴性菌和阳性菌,而革兰氏阳性细菌具有细胞壁,复杂的细胞壁结构增加了样本裂解的难度。
细胞壁难裂解的原因--结构复杂:细胞壁(厚度20-80 nm)主要由90%的肽聚糖和10%包括磷壁酸的酸性多糖构成。肽聚糖,又称粘肽,是由n-乙酰葡萄糖胺和n-乙酰胞酸2种氨基糖经β-1,4糖苷键连接间隔排列形成的多糖支架;在n-乙酰胞壁酸分子上连接四肽侧链,肽链之间再由肽桥或肽链联系起来,组成一个机械性很强的网状结构。
各种细菌细胞壁的肽聚糖支架均相同,在侧链的组成及其连接方式随菌种而异。
Vazyme根据此类样本的特点,推出相关提取试剂盒:
目前已优化解决以下样本
组织细胞样本是目前常见的样本类型,其样本需要经过液氮研磨和较长时间的组织消化,方可进行DNA或RNA的提取。目前Vazyme经过不断的优化升级,研发出多款能够满足客户不同需求的相关试剂盒:
目前已优化解决以下样本
血液样本分为全血、血浆、血清三种,血浆中含有血细胞及其包含的有形成分及多种生理物质和代谢产物。 对于鸟类、禽类的血液样本,由于有核红细胞较多,血液的提取难度也存在差异。目前Vazyme已解决全血样本提取难点,并提供以下解决方案:
目前已优化解决以下血液样本:
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