RT-qPCR是分子生物学的基础实验,想必大家都很熟悉了,主要包括三大步骤:RNA提取、逆转录成cDNA以及实时荧光定量PCR,但有时下机数据不理想,重新跑了几板也无济于事,到底是怎么回事呢?很可能是逆转录实验出了问题!虽然看起来逆转录实验只需将RNA、dNTP、引物、逆转录酶加入离心管中混匀,进行反应即可,但是在实际操作过程中,还是有很多细节需要注意。下面就跟小V一起来了解一下吧!
想要获得cDNA,RNA的质量很关键!RNA质量主要可以从两个方面进行检测:
(1)RNA完整度:可以通过琼脂糖凝胶电泳验证RNA完整度。以真核生物为例,完整的总RNA有清晰的三条带,分子量从大到小分别为28S、18S、5S,并且28S是18S亮度的两倍;若能看见三条带,但带型模糊或弥散,则说明RNA有部分降解,此时请立即进行逆转录反应,并适当加大模板投入量;若只能看见分子量很小的一条带或没有条带,则RNA已完全降解,需要重新提取。Agilent 2100以峰图和RIN值来指示RNA的完整性。若核酸完整,则峰图基线平整;若核酸降解严重,则基线不平并出现较多降解峰;RIN数值大小即反映RNA的完整性,在0-10区间范围内,数值越大表明RNA质量越好、完整度越高。小V悄悄告诉你,如果RNA部分降解,也不是完全无药可救,Vazyme三代逆转录产品——Vazyme #R312/R323/R333,对于部分降解的RNA仍有较高的逆转效率。
(2)RNA的纯度:可以通过紫外分光光度法来检测OD260/280的比值,若OD260/280比值在1.9~2.1之间说明纯度很好。
在进行RNA提取时,我们得到的RNA中可能会混入未被清除干净的基因组DNA(gDNA),因此,逆转录之后的cDNA中也会混有gDNA。在进行下游qPCR实验反应时,cDNA和gDNA可能会被同时扩增,以致CT值偏小,因此结果可能会存在偏差。
那这种情况怎么办呢? 小V建议:
(1)对逆转的RNA进行基因组清除处理,基因组清除可以在RNA提取时使用柱提法进行去除;
(2)使用DNaseⅠ处理提取后的RNA,但要使用EDTA终止;
(3)直接使用带有基因组清除模块的逆转录试剂;Vazyme #R223/R233/R323/R333均带有基因组清除模块,更有Vazyme #R333可以一步完成逆转录反应与基因组清除反应,减少反应程序,使您的实验更方便、更快捷。
(1)特定转录本:推荐使用基因特异性引物;
(2)长片段转录本:推荐使用Oligo dT/基因特异性引物;
(3)长片段转录本的内部片段:基因特异性引物 /随机引物/随机引物+Oligo dT,若后续为qPCR实验,不可单独使用Oligo dT,因为单独使用Oligo dT可能会产生3’端偏好性,导致qPCR实验结果不准确;
(4)miRNA:可以选用茎环法引物或加尾法引物。
获得逆转录产物cDNA后,cDNA应该稀释多少倍进行qPCR实验很重要,cDNA浓度太高或太低都可能会影响扩增效率,那cDNA是否可以测浓度,应该怎么做呢?
(1)逆转录产物cDNA不可测浓度,因为逆转录产物中除了cDNA产物以外,还含有逆转录残留的Buffer、逆转录酶、引物等,会干扰浓度测定结果,同时引起OD260/280、OD260/230比值异常,因此不能反应真实的cDNA产量。这个时候会有小伙伴说,那我纯化后再测浓度;这里小V要提醒一下,cDNA不建议纯化,因为逆转得到的cDNA长短不一,纯化会损失短的cDNA。
(2)那么究竟要怎么办呢?qPCR实验前,可以通过预实验确定cDNA的稀释梯度。例如:使用cDNA原液、10倍稀释液、100倍稀释液作为模板进行qPCR实验,选择CT值落在18-28范围内的稀释倍数。
miRNA是一种不编码蛋白质的,大小约为22 nt左右的单链小分子RNA。因其长度比较短,常规的qPCR法很难对其直接定量,因此经常需要延长miRNA;现在常用的对miRNA的逆转录方法有茎环法和加尾法。
茎环法是通过添加茎环引物的方法来延长miRNA,这种检测方法的灵敏度和特异性更高,但检测通量低,一次逆转录仅能检测一个miRNA和内参;加尾法是由两个酶共同作用完成的,它们分别是PolyA聚合酶和逆转录酶。PolyA聚合酶负责给miRNA加上PolyA尾,增加其长度,逆转录酶进行逆转录反应,这种方法的检测通量高,一次逆转录即可检测多种miRNA及内参,但灵敏度和特异性低于茎环法。
Vazyme #MR101和Vazyme #MR201分别为针对miRNA逆转录的茎环法和加尾法试剂盒。其中Vazyme #MR201配以优化的缓冲体系和定向改造的逆转录酶,在保证具有高灵敏度的同时,较大限度降低了miRNA前体的逆转录,保证逆转录特异性,使您的实验结果稳定可靠。
活动时间:9月1日-9月30日
Vazyme #R333(一步法逆转录试剂盒)特点:
Vazyme #MR201(miRNA加尾法逆转录试剂盒)特点: