营养不同：脱脂奶粉中的蛋白质、碳水化合物比全脂奶粉高1/3左右，钙、维生素、磷的含量也比全脂奶粉高。而脱脂奶粉中脂肪含量很低，热量也比全脂奶粉低得多。

用途不同：脱脂奶粉因其脂肪含量较少，所以易保存，不易发生氧化作用，是制作饼干、糕点、砚、冰淇淋等食品的最好原材料。全脂奶粉含有较多的脂肪，容易受高温和氧化作用而变质。

适用对象不同：脱脂奶粉中不含脂肪，适宜肥胖而又需要补充营养的人饮用。而全脂奶粉则含有奶粉的正常营养成分，所以适用于一般的人们。
冲调结果不同：用水冲调的全脂奶粉复原为鲜乳时，其表面会出现一层泡沫状的乳垢，这便是脂肪和蛋白质的综合物。而脱脂奶粉比全脂奶粉乳糖含量高，故吸潮能力强，一旦奶粉潮湿大，便会改变蛋白质的胶体状态，在水中的溶解度会降低。

全脂奶粉营养很高，营养价值更全面，因为它包含了好多脂溶性维生素，并且味道也更好，所以不能说全脂奶粉没有脱脂好，从营养价值、从能量的大小都要比脱脂奶粉好。但是对于脱脂奶粉来讲适合于某些特殊的人群，比如说老年人血脂比较高的、胆固醇也比较高的，这种特殊人群需要低脂的奶粉，这样就买一点低脂奶粉，但是如果脱脂奶粉就不好喝了，口味就很差，所以应当买低脂奶粉。