《辅行诀》将疾病分成三大类，相应地给予三大类对应处方。第一大类是普通的外感病和内伤杂病，分别称之为“时恙”和“夙痼”，相对简单。第二大类疾病是外感天行病，比较复杂，对人类健康威胁较大。实际上，外感天行病，又称时行疫气病，是因为客运、客气导致地球气候异常，物候、病候等随之异常，从而在地球上的生物（人类、动物、植物）之间发生了不同规模的传染病。大量临床实践证明，中医界治疗传染病最常用的还是伤寒方和温病方，但临床总有遗憾之时，而在这方面，《辅行诀》的体系可资借鉴。《辅行诀》的核心是六合辨证、二旦四神汤；《伤寒论》的核心是六经辨证，经方113个；《辅行诀》的二旦四神汤与《伤寒论》的数个核心方基本相同。显而易见，《辅行诀》与《伤寒论》具有某种传承同源性，具有极大学术价值。这个同源性，可能是《汤液经法》与《黄帝内经》的某种融合，是古代中医各学术派别之间的交织秘辛，在本书的引领下，追本溯流，或可博极医源，执简驭繁。