第1章 绪论 001～012
1.1 微生物概述 002
1.1.1 微生物的基本概念 002
1.1.2 微生物的主要分类 002
1.1.3 微生物的分类系统 004
1.1.4 微生物的主要分布 005
1.2 现代微生物学概述 006
1.2.1 现代微生物学的研究领域 006
1.2.2 现代微生物学的研究方向 007
1.2.3 现代微生物学的研究方法 008
1.3 微生物菌群生态与环境和人类健康 009
1.3.1 微生物菌群生态的基本内涵 009
1.3.2 微生物菌群生态与环境 010
1.3.3 微生物菌群生态与人类健康 011
参考文献 012

第2章 微生态平衡与人类健康 013～022
2.1 微生态与微生态平衡 014
2.1.1 微生态研究的意义 014
2.1.2 微生态平衡及主要标志 015
2.1.3 微生态平衡失调及主要标志 016
2.2 微生态系统的结构与功能 017
2.2.1 微生态系统 017
2.2.2 微生态系统的结构与结构层次 018
2.2.3 人体微生态系统的功能与功能层次 020
参考文献 021

第3章 肠道微生物概述 023～030
3.1 肠道微生物分类 024
3.2 肠道微生物与人类健康 024
3.2.1 肠道微生物的功能 024
3.2.2 肠道微生物的影响因素 025
3.3 肠道微生物的应用现状与发展前景 026
3.3.1 肠道微生物的应用现状 026
3.3.2 肠道微生物的发展前景 028
参考文献 029

第4章 肠道微生物的生态学基础 031～045
4.1 肠道微生物入侵 032
4.2 肠道微生物多样性 036
4.3 肠道微生物与宿主间的互利共生 038
4.4 肠道微生物功能与代谢研究 039
4.5 肠道微生物间的竞争 041
参考文献 044

第5章 肠道微生物的研究方法 046～083
5.1 肠道微生物研究策略、方法与主要内容 047
5.1.1 肠道微生物研究策略 047
5.1.2 肠道微生物研究方法 048
5.1.3 肠道微生物研究内容 049
5.2 高通量测序技术的发展与肠道菌群研究 049
5.2.1 第一代测序技术 051
5.2.2 第二代测序技术 052
5.2.3 第三代测序技术 053
5.3 肠道菌群组成结构的研究方法 055
5.3.1 16S rRNA基因测序技术 055
5.3.2 全基因组测序技术 056
5.3.3 宏基因组测序技术 058
5.3.4 宏转录组测序技术 061
5.4 肠道菌群功能的研究方法 063
5.4.1 宏基因组测序技术 063
5.4.2 代谢组学测序技术 064
5.4.3 基因组学测序技术 066
5.4.4 转录组学测序技术 068
5.5 肠道菌群与宿主相互作用的研究方法 070
5.6 肠道菌群与疾病关系的研究方法 074
5.7 肠道菌群调控的研究方法 075
5.8 肠道菌群代谢物的研究方法 077
5.8.1 16S rRNA基因测序技术 078
5.8.2 全基因组测序技术 079
5.8.3 代谢组学测序技术 079
5.8.4 核磁共振波谱技术 079
参考文献 081

第6章 肠道菌群与代谢类疾病、消化类疾病、神经类疾病的关系 084～114
6.1 肠道菌群与代谢类疾病的关系 085
6.1.1 代谢类疾病概述 085
6.1.2 肠道菌群与肥胖 085
6.1.3 肠道菌群与糖尿病 087
6.1.4 肠道菌群与高血压 089
6.1.5 肠道菌群与高脂血症 090
6.2 肠道菌群与消化类疾病的关系 091
6.2.1 消化类疾病概述 091
6.2.2 肠道菌群与肠易激综合征 093
6.2.3 肠道菌群与炎症性肠病 094
6.2.4 肠道菌群与肠道感染 096
6.2.5 肠道菌群与脂肪肝、肝硬化 098
6.3 肠道菌群与神经类疾病 104
6.3.1 肠道菌群与精神障碍 105
6.3.2 肠道菌群与帕金森病 107
6.3.3 肠道菌群与脑血管病 108
6.3.4 肠道菌群与孤独症谱系障碍 110
参考文献 112

第7章 肠道菌群与人体免疫性疾病 115～123
7.1 肠道菌群与人体免疫性疾病的关系 116
7.2 肠道菌群与自身免疫性疾病 117
7.3 肠道菌群与过敏性疾病 119
7.4 肠道菌群与免疫缺陷性疾病 120
参考文献 122

第8章 益生菌与人类健康 124～134
8.1 益生菌的基本内涵 125
8.1.1 益生菌的定义及主要作用 125
8.1.2 益生菌的主要分类 125
8.1.3 益生菌的基本特性 126
8.2 益生菌的分布规律 127
8.2.1 益生菌在肠道中的分布规律 127
8.2.2 益生菌在不同发育时期的分布规律 128
8.3 肠道益生菌的平衡与失调 129
8.3.1 肠道益生菌的平衡 129
8.3.2 影响肠道益生菌平衡的主要因素 130
8.3.3 肠道益生菌平衡失调与疾病的关系 130
8.4 益生菌的作用机理与发展前景 131
参考文献 133

第9章 饮食与肠道菌群 135～145
9.1 饮食与肠道菌群的关系 136
9.2 膳食纤维与肠道菌群 136
9.3 营养物质代谢与肠道菌群 139
9.4 饮食习惯与肠道疾病预防 141
参考文献 144

后记 146～147