该书乃前著《明清之际中西文化交流史——明代：调适与会通》的续篇。前著时间断限大致划定在利玛窦病逝前后（公元1610年），故本书叙述便始自利玛窦临终前对传教团监督的选择与确立，迄于清康熙二十二年前，涵盖了明末及南明七十余年间中西交流的历史。本书通过5组矛盾现象的解析，来揭示这一时期文化交流的基本线索及其特征。 主要包括：耶稣会内部有关“天”、“上帝”称谓的论争，明朝士大夫中掀起“南京教案”与编纂《崇祯历书》的分野，闽浙中下层人士拥戴或排拒基督教的斗争，基督教不同派别围绕中国礼仪之争，辽东战争期间引进与阻止西洋大炮及炮师的对立。 凡此表明，坚持反映文化互补性的和平与平等交往的原则，跟激化文化差异性而导致矛盾冲突的图谋，成为利玛窦时代以后，不同的政治势力和宗教派别斗争的焦点，也是贯穿这一时期基本的历史线索。