碇源堂背叛了Seele，想让自己成为“神”。而Seele的目的则是在第三次冲击爆发之时，抢先使徒，以拥有人类意识的EVA与“莉莉丝”融合，让有生命归零，终实现“人类补全计划”，产生没有“缺陷”的新人类。而主角真嗣作为拥有这些“缺陷”的代表，在面对与“莉莉丝”的融合，即“人类补全计划”的成功与否，他的态度至关重要，这些将在本册逐渐揭开迷雾！

明日香驾驶的二号机和真嗣驾驶的初号机拼死对抗Seele和EVA系列。就在这时，此前飞出外太空的“朗基努斯之枪”正从月球高速返回地球，并停在了真嗣的初号机胸前，形成了伟大的“生命之树”形态。另一方面，碇源堂因为体内的“亚当”苏醒，一心想与拥有“莉莉丝”意识的零融合，完成自己成为“神”的夙愿，但却遭到零的拒绝。终，零走向“莉莉丝”的躯体，并完成融合，使形态的“莉莉丝”苏醒。“莉莉丝”与“生命之树”相互吸引，人类即将迎来第三次冲击。

STAGE.84 Calling
STAGE.85 背叛
STAGE.86 仪式开始
STAGE.87 拒绝
STAGE.88 黑之月
STAGE.89 face to face
STAGE.90 夏日的追忆

贞本义行是日本著名的动画制作人、漫画家。毕业后加入GAINAX发展。曾经担任《不思议之海的娜丁亚》、《王立宇宙军～奥米内菲斯之翼～》 等名作的人物设计和作画监督。之后担任《新世纪福音战士EVA》的人物设计极受好评，更因《EVA》的超人气好评而倍受瞩目。现专注于《新世纪福音战士EVA》的漫画连载。