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书名:真核生物转录调控——概念策略与技术(第二版)
定价:180.0
ISBN:9787030346155
作者:王进科 译
版次:1
出版时间:2015-05
内容提要:
目录:
在线试读:
定价:180.0
ISBN:9787030346155
作者:王进科 译
版次:1
出版时间:2015-05
内容提要:
《生命科学实验指南系列·真核生物转录调控:概念、策略与技术(第2版)》是美国冷泉港实验室出版社出版的《真核生物转录调控--概念、策略与技术》(第二版)一书的中译本。书中全面介绍了真核基因转录调控的概念,以及进行研究所使用的策略和技术。涉及内容包括哺乳动物细胞转录调控入门知识、基因转录调控的两个重要角色-DNA元件和蛋白质组分的鉴定及功能表征,以及两者间复杂的相互作用构成的基因转录调控的重要事件和这些事件发生的染色质环境。
《生命科学实验指南系列·真核生物转录调控:概念、策略与技术(第2版)》概括了真核基因转录调控的基本概念、实施转录调控研究的基本策略,以及实现研究目标的重要技术。因此,《生命科学实验指南系列·真核生物转录调控:概念、策略与技术(第2版)》对于医学、生物化学、分子生物学、生物技术等领域中对基因转录调控感兴趣或从事相关研究的学生、教学科研人员和技术人员是一本重要读物。
《生命科学实验指南系列·真核生物转录调控:概念、策略与技术(第2版)》概括了真核基因转录调控的基本概念、实施转录调控研究的基本策略,以及实现研究目标的重要技术。因此,《生命科学实验指南系列·真核生物转录调控:概念、策略与技术(第2版)》对于医学、生物化学、分子生物学、生物技术等领域中对基因转录调控感兴趣或从事相关研究的学生、教学科研人员和技术人员是一本重要读物。
目录:
译者序
前言
概述
缩略词
1 哺乳动物细胞转录调控入门
引言和概述
全基因组方法小结
染色质和通用转录机器
染色质结构和组织
染色质修饰
染色质重塑
通用转录机器
调控区的组织
基础转录复合物的组装和起始
调解因子
TFIID和TAF
活化和抑制
基因活化
转录起始期间的染色质修饰和重塑
通用机器募集的一种模式
聚合酶II延伸的初始阶段
聚合酶II在基因内遭遇核小体
转录的沉默或抑制
结语
参考文献
2 初始策略性问题
引言和概述
实验策略
新转录因子的表征方法
分析新基因的调控
专题2.1 核连缀转录分析
考虑达到明确目标所需的时间投入和资源
确定项目目标
评估分析的可行性
启动对新基因的综合转录调控分析
技术
方案2.1 核连缀分析
参考文献
3 转录起始位点的定位
引言和概述
实验策略
初步考虑
快速扩增cDNA末端(RACE)
专题3.1 帽子依赖性RACE程序
引物延伸
专题3.2 引物延伸
RNase保护法
专题3.3 RNase保护
Sl核酸酶分析
专题3.4 核酸酶保护
专题3.5 内含子对起始位点定位结果解释的影响
技术
方案3.1 引物延伸分析
方案3.2 RNase保护分析
参考文献
4 启动子分析的功能性分析方法
引言和概述
实验策略
选择分析方法:各种分析方法的优缺点
瞬时转染分析
专题4.1 常用的转染方法
专题4.2 萤光素酶报告基因分析
专题4.3 CAT报告基因分析
专题4.4 LacZ、SEAP和GFP报告基因分析法
专题4.5 瞬时转染细胞的分离
通过染色体整合的稳定转染分析
专题4.6 有复制能力的载体
技术
哺乳动物细胞的常用转染方法
方案4.1 3T3成纤维细胞的磷酸钙转染
方案4.2 淋巴细胞系的DEAE-葡聚糖转染
方案4.3 RAW264.7 巨噬细胞的电穿孔转染
方案4.1 ~4.3 的附加说明
方案4.4 萤光素酶分析
方案4.5 氯霉素乙酰转移酶分析
方案4.6 β-半乳糖苷酶分析
参考文献
5 远程控制区的鉴定和分析
6 鉴定控制区内的顺式作用DNA元件
7 鉴定DNA结合蛋白及其基因
8 确认蛋白质-DNA相互作用的功能相关性
9 内源性控制区的体内分析
10 鉴定和表征转录调控因子的结构域
11 DNA的调控性转录因子结合
12 体外转录和起始前复合物组装
13 体外研究染色质动力学:染色质组装、重塑和转录
附录:注意事项
索引
前言
概述
缩略词
1 哺乳动物细胞转录调控入门
引言和概述
全基因组方法小结
染色质和通用转录机器
染色质结构和组织
染色质修饰
染色质重塑
通用转录机器
调控区的组织
基础转录复合物的组装和起始
调解因子
TFIID和TAF
活化和抑制
基因活化
转录起始期间的染色质修饰和重塑
通用机器募集的一种模式
聚合酶II延伸的初始阶段
聚合酶II在基因内遭遇核小体
转录的沉默或抑制
结语
参考文献
2 初始策略性问题
引言和概述
实验策略
新转录因子的表征方法
分析新基因的调控
专题2.1 核连缀转录分析
考虑达到明确目标所需的时间投入和资源
确定项目目标
评估分析的可行性
启动对新基因的综合转录调控分析
技术
方案2.1 核连缀分析
参考文献
3 转录起始位点的定位
引言和概述
实验策略
初步考虑
快速扩增cDNA末端(RACE)
专题3.1 帽子依赖性RACE程序
引物延伸
专题3.2 引物延伸
RNase保护法
专题3.3 RNase保护
Sl核酸酶分析
专题3.4 核酸酶保护
专题3.5 内含子对起始位点定位结果解释的影响
技术
方案3.1 引物延伸分析
方案3.2 RNase保护分析
参考文献
4 启动子分析的功能性分析方法
引言和概述
实验策略
选择分析方法:各种分析方法的优缺点
瞬时转染分析
专题4.1 常用的转染方法
专题4.2 萤光素酶报告基因分析
专题4.3 CAT报告基因分析
专题4.4 LacZ、SEAP和GFP报告基因分析法
专题4.5 瞬时转染细胞的分离
通过染色体整合的稳定转染分析
专题4.6 有复制能力的载体
技术
哺乳动物细胞的常用转染方法
方案4.1 3T3成纤维细胞的磷酸钙转染
方案4.2 淋巴细胞系的DEAE-葡聚糖转染
方案4.3 RAW264.7 巨噬细胞的电穿孔转染
方案4.1 ~4.3 的附加说明
方案4.4 萤光素酶分析
方案4.5 氯霉素乙酰转移酶分析
方案4.6 β-半乳糖苷酶分析
参考文献
5 远程控制区的鉴定和分析
6 鉴定控制区内的顺式作用DNA元件
7 鉴定DNA结合蛋白及其基因
8 确认蛋白质-DNA相互作用的功能相关性
9 内源性控制区的体内分析
10 鉴定和表征转录调控因子的结构域
11 DNA的调控性转录因子结合
12 体外转录和起始前复合物组装
13 体外研究染色质动力学:染色质组装、重塑和转录
附录:注意事项
索引
在线试读:
通过分析用特定报告质粒得到的数个独立克隆,可以获得所得到的活性范围和平均活性的相关知识。当尝试比较控制区在不同细胞系中的活性,或尝试比较野生型控制区和突变型控制区时,这一信息非常有价值。克隆与克隆之间的变异性使这些对比难以进行,但是,如果知道了变异性的程度就能很有帮助。如果目的是监测稳定转染细胞中特定控制区的诱导活性,那么分离和分析单个细胞克隆就同样重要,这是因为整合位点会影响诱导的程度。
分析细胞克隆。尽管对几个不同克隆的分析是有价值的,但是在多数情况下,没有必要严格地确定每个假定克隆都确实是克隆的。如果96孔板上的一小部分孔中含有抗药性群落,那么每个群落就可能是克隆的。对于某些实验,明确地确定每个群落都是克隆的(通过极限稀释对细胞进一步亚克隆,以及通过Southern印迹分析确定整合位点)可能很重要。然而,因为几个细胞克隆将会被比较,并且预计由于整合位点的差异有相当大的变化,因此某些样品的寡克隆一般不会产生大的影响。拷贝数的严格确定(通过定量的Southern印迹或实时PCR)也可能没有必要,除非需要精确确定以单个克隆观察到的变化中有多少变化归因于拷贝数的变化,而又有多少变化归因于整合位点的变化。在某些情况下,该信息是有用的,如确定一个控制元件是否符合LCR的定义。然而,对于大多数基因调控研究来说,该信息价值有限。
分析细胞池。分离几个单个克隆的替代方法是比较几个独立的细胞池,这一策略的潜在优势是由整合位点和拷贝数的差异造成的各池中的变异可被平均,从而减小池间的差异;其缺点是如果一个或少数克隆表现出由报告基因或抗药性基因的整合位点或表达水平造成的生长优势,池中每个克隆的相对丰度会随时间剧烈变化。其实,稳定转染细胞的细胞池可以非常迅速地成为寡克隆或单克隆。因此,不能假定对细胞池的分析可以产生对许多克隆系进行单独分析时获得的平均结果。而且,在某一时刻以细胞池获得的结果可能不同于将细胞传代数周后获得的结果,这是因为细胞的选择性过度生长十分常见。因此,需要注意的是,相对于当分离了单个克隆时检验的数目,细胞池的使用不能减少以每个报告质粒所需检验的样品数目。虽然细胞池的使用理论上可产生来自大量单个克隆的平均报告基因信号,但是一个或少数几个克隆选择性过度生长的可能性使得对几个细胞池进行检验成为必要。对照及结果的解释
稳定转染分析中,需要用对照确证启动子受到正确调控。如果启动子预期是细胞类型特异性的,那么用不同细胞系进行稳定转染实验就可以确定这一点。正如瞬时转染实验,用病毒启动子/增强子驱动的报告基因进行平行实验,将有利于对从不同细胞系获得的结果进行归一化处理。
……
分析细胞克隆。尽管对几个不同克隆的分析是有价值的,但是在多数情况下,没有必要严格地确定每个假定克隆都确实是克隆的。如果96孔板上的一小部分孔中含有抗药性群落,那么每个群落就可能是克隆的。对于某些实验,明确地确定每个群落都是克隆的(通过极限稀释对细胞进一步亚克隆,以及通过Southern印迹分析确定整合位点)可能很重要。然而,因为几个细胞克隆将会被比较,并且预计由于整合位点的差异有相当大的变化,因此某些样品的寡克隆一般不会产生大的影响。拷贝数的严格确定(通过定量的Southern印迹或实时PCR)也可能没有必要,除非需要精确确定以单个克隆观察到的变化中有多少变化归因于拷贝数的变化,而又有多少变化归因于整合位点的变化。在某些情况下,该信息是有用的,如确定一个控制元件是否符合LCR的定义。然而,对于大多数基因调控研究来说,该信息价值有限。
分析细胞池。分离几个单个克隆的替代方法是比较几个独立的细胞池,这一策略的潜在优势是由整合位点和拷贝数的差异造成的各池中的变异可被平均,从而减小池间的差异;其缺点是如果一个或少数克隆表现出由报告基因或抗药性基因的整合位点或表达水平造成的生长优势,池中每个克隆的相对丰度会随时间剧烈变化。其实,稳定转染细胞的细胞池可以非常迅速地成为寡克隆或单克隆。因此,不能假定对细胞池的分析可以产生对许多克隆系进行单独分析时获得的平均结果。而且,在某一时刻以细胞池获得的结果可能不同于将细胞传代数周后获得的结果,这是因为细胞的选择性过度生长十分常见。因此,需要注意的是,相对于当分离了单个克隆时检验的数目,细胞池的使用不能减少以每个报告质粒所需检验的样品数目。虽然细胞池的使用理论上可产生来自大量单个克隆的平均报告基因信号,但是一个或少数几个克隆选择性过度生长的可能性使得对几个细胞池进行检验成为必要。对照及结果的解释
稳定转染分析中,需要用对照确证启动子受到正确调控。如果启动子预期是细胞类型特异性的,那么用不同细胞系进行稳定转染实验就可以确定这一点。正如瞬时转染实验,用病毒启动子/增强子驱动的报告基因进行平行实验,将有利于对从不同细胞系获得的结果进行归一化处理。
……
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