本书介绍了单细胞测序的操作方法，以及其在微生物学、系统免疫学、转录组学、生物信息学、基础医学、临床医学中特别是呼吸内科，肿瘤科等学科中的具体应用，内容包括方法设计、重复性验证及应用经验。重点突出了单细胞技术在疾病机制研究中的应用潜力，指出探索单细胞生物学功能、表观遗传学、代谢学及其基因与蛋白网络系统等的基本路径。 

第1章 单细胞测序在未来医学中的应用 1 
一、单细胞研究 1 
二、单细胞测序的临床应用意义 1 
三、基本操作流程 3 
四、与传统的基因芯片技术方法的比较 4 
五、机遇与挑战 5 
六、小结 5 
第2章 超级细胞模型在单细胞表型分类中的应用 6 
一、超级细胞模型及其发展 6 
二、单细胞研究面临的挑战 6 
三、超级细胞模型 9 
四、实例解析：超级细胞模型在单细胞转录组测序中的应用 12 
五、小结 15 
第3章 微生物单细胞基因组分析 17 
一、微生物与非可培养微生物类群 17 
二、单细胞基因组分析的基本方法 17 
三、全基因组扩增的技术方法 19 
四、单细胞全基因组测序应用于不可培养微生物的研究 21 
五、小结 22 
第4章 单细胞测序在动态转录组中的应用 23 
一、单细胞转录组动态分析的应用价值 23 
二、单细胞转录组测序的基本原理和步骤 24 
三、用于单细胞测序的微流体装置的开发 26 
四、RNA测序方法的基本步骤 27 
五、已发表的单细胞 RNA测序方法及比较 29 
六、分析单细胞转录组数据中的生物信息学挑战 36 
七、单细胞 RNA测序的应用 36 
八、小结 37 
第5章 系统免疫学在树突状细胞代谢研究中的应用 38 
一、系统免疫学简介 38 
二、树突状细胞代谢调控的研究进展 40 
三、DC代谢调控中的系统免疫学 41 
四、展望 42 
第6章 系统免疫学及调节性T淋巴细胞研究 43 
一、调节性T细胞概述 43 
二、系统生物学技术在Treg领域的应用 47 
三、展望 51 
第7章 幼淋巴细胞-淋巴细胞与生物信息学 52 
一、幼淋巴细胞特性 52 
二、幼淋巴细胞的蛋白组学 53 
三、幼淋巴细胞的基因组学 54 
四、幼淋巴细胞与白血病 56 
五、白血病特异性生物标志物 57 
六、展望 57 
第8章 淋巴细胞在肝癌中的作用及其治疗利用 58 
一、肝癌及其发病机制研究进展 58 
二、肝癌中的TIL亚群 60 
三、基于TIL的肝癌治疗 62 
四、采用高通量技术研究肝癌淋巴细胞 64 
五、肝癌中的网络化调控和个体化治疗 67 
六、小结 67 
第9章 肝细胞坏死的早期生物标志物 69 
一、肝细胞死亡 69 
二、凋亡和坏死生物标志物 70 
三、微小核糖核苷酸（microRNA） 72 
四、线粒体损伤生物标志物 72 
五、炎症生物标志物 73 
六、DNA损伤生物标志物 73 
七、小结 74 
第10章 基于流式细胞仪的单个细胞分选实验步骤 75 
一、单细胞的流式细胞仪分选 75 
二、实验步骤 76 
三、小结 78 
第11章 分离肺癌单细胞 80 
一、单细胞技术和组学科学 80 
二、单细胞分离技术 81 
三、口吸管显微操作试验方案 81 
四、小结 82 
第12章 肿瘤生物信息学 86 
第13章 单细胞异质性检测在肿瘤中的应用 88 
一、单细胞异质性在肿瘤诊断及治疗中的临床意义 88 
二、单细胞异质性的检测对象 89 
三、单细胞异质性检测方法 92 
四、小结 94 
参考文献 95