目录

●前言
实验1 Linux系统入门与操作 1
实验1-1 文件与目录管理 1
实验1-2 文本输入 2
实验1-3 系统管理 3
实验1-4 Linux系统中的软件安装 6
实验2 R语言基础 9
实验2-1 R语言的基本操作 9
实验2-2 使用R语言计算并安装R程序包 13
实验2-3 使用R语言画图 15
实验3 NCBI、ENA和DDBJ数据库的序列获取 20
实验3-1 NCBI数据库序列数据的获取 20
实验3-2 ENA数据库文件的下载 23
实验3-3 使用DDBJ数据库下载测序数据 26
实验4 双序列比对 29
实验5 多序列比对分析 33
实验6 进化分析 36
实验7 基因预测 39
实验7-1 基因翻译蛋白 39
实验7-2 基因编码区预测 42
实验8 转录组分析 44
实验8-1 转录组数据准备 44
实验8-2 质控 49
实验8-3 序列映射 52
实验8-4 转录本定量 54
实验8-5 差异表达分析 58
实验8-6 基因集功能富集分析 60
实验8-7 加权基因共表达网络分析 65
实验9 转录调控分析 73
实验9-1 miRNA靶基因分析 73
实验9-2 ceRNA调控分析 76
实验10 单细胞转录组分析 78
实验10-1 单细胞转录组数据矩阵的获取 78
实验10-2 单细胞转录组数据的下游分析 80
实验11 蛋白质分析 91
实验11-1 蛋白质结构同源建模 91
实验11-2 蛋白质结构可视化分析 94
实验11-3 蛋白质?小分子的分子对接 97
实验11-4 蛋白质组定量分析 106
实验12 Cytoscape系统生物学 110
参考文献 117
附录1 思政小课堂 122
附录2 常用软件介绍及下载 126