1900年敦煌莫高窟藏经洞（今17窟）为数近六万件的北宋以前各类写本文书的发现，震铄古今，成为近代学术史上的一大盛事。随着文献内容的陆续披露，一门以敦煌文献为核心的新兴学科快速发展，所谓的“敦煌学”成为世界汉学的显学。陈寅恪《敦煌劫余录序》中说：“敦煌学者，今日世界学术之新潮学也。”

《港台百年敦煌学研究论文汇编》的编纂是针对1906-2011年间在台港地区出版的期刊、学报、论集与专书中有关敦煌学研究篇章、专著，约有2000篇。全书分为12大类，分别为：目录、总论、历史地理、社会、法制经济、语言文字、文学、经子典籍、宗教、艺术、科技、综述等。

汇编收入了饶宗颐、潘重规、陈铁凡、石璋如、苏莹辉、王三庆、郑阿财、林聪明、邢义田、柳存仁、朱凤玉、高明士等数十位港台敦煌学名家的学术名篇，蔚然大观。由于体量太大，出版社分为数辑陆续出版，1-49册为第一期出版，49-69册第二期出版，70-100册第三期出版。