2020年4月至2021年10月，保护区调查人员同东北林业大学于洪贤教授团队协作完成了保护区鱼类资源调查任务，并编辑出版《内蒙古毕拉河国家级自然保护区鱼类图谱》一书。通过调查发现，毕拉河自然保护区鱼类群落种类整体较为稳定，并存在一定的空间异质性。与资料记载相比，具有较高经济价值的鱼类相对有所减少，且鱼类体型出现一定程度的小型化。优势种主要为银鲫、大头鮈、瓦氏雅罗鱼、葛氏鲈塘鳢、北方须鳅、洛氏鱥、花江鱥、黒龙江鳑鲏等鱼类，这些鱼类对环境变化适应能力和耐受性较强。此外，在调查中发现数量较多的黑龙江茴鱼幼体，由此可以判断毕拉河自然保护区内部河流为黑龙江茴鱼的产卵场。鲑科鱼类选择产卵的水域，意味着该水域污染物质较少，可以为鲑科幼鱼提供生长所需的必要物质条件。可见毕拉河作为珍稀冷水性鱼类的重要繁殖地，保护价值极高。    本图谱收录保护区野生鱼种2纲7目10科36种，其中鲤形目种数最多，为21种；鲶形目和鲑形目各5种；鲉形目2种；七鳃鳗目、鲈形目和鳕形目各1种。

雷氏七鳃鳗

马口鱼

瓦氏雅罗鱼

湖鱥

洛氏鱥

花江鱥

真鱥

黑龙江鳑鲏

高体鳑鲏

花?

麦穂鱼

凌源鮈

高体鮈

犬首鮈

大头鮈

突吻鮈

银鲫

鲢

北方须鳅

黑龙江花鳅

北方花鳅

黑龙江泥鳅

黄颡鱼

光泽黄颡鱼

乌苏里拟鲿

怀头鲶

鲶

江鳕

黑龙江中杜父鱼

杂色杜父鱼

葛氏鲈塘鳢

黑斑狗鱼

哲罗鲑

细鳞鲑

黑龙江茴鱼

下游黑龙江茴鱼