《皮克敏 3》的主角是為了尋找糧食資源而展開宇宙之旅的調查隊，阿爾福、布莉特妮和查理 3 個人。在某行星著陸的他們，在那裡遇到名為「皮克敏」的不可思議生物並借助它們的力量，為了把這個行星上的水果的種子帶回故鄉，展開了探索。

皮克敏是猶如動物、猶如植物，不可思議的生物。從地面拔出皮克敏們，他們就會跟在主角的後面。投擲皮克敏們，就可以搬運如水果一樣的巨大物品、收集碎片築成橋等。皮克敏們會在所投擲的地方認真工作，從而開拓出路。

探索行星的途中，有時會遇到兇惡的原生生物。這時候皮克敏們會合力地勇敢作戰。但是請留意，一隻的話很弱，有可能會被吃掉。

本作收錄了所有 Wii U 版上發布的新增任務等付費新增內容，更收錄舊作主角「歐利瑪」等人的番外故事任務。另外，新增可了解登場原生生物們詳細生態的「原生生物圖鑑」和根據遊戲達成度而獲得的「晉級徽章」等，內容非常豪華。

此外還新增提示的功能，在探索中不知如何前進時，會出現引導玩家到下一個目的地的箭頭；使用鎖定的功能，投擲皮克敏時可更容易瞄準，更容易遊玩；可選擇符合自己的難易度來玩等等，初次遊玩「皮克敏」的人也可以享受樂趣。

當然，也支援 Nintendo Switch 獨有的分享遊玩功能，可以進行 2 人遊玩。