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●第1篇 R基础入门
第1章 初识R语言
1.1 基础概念
1.2 软件安装
1.2.1 安装前的准备工作
1.2.2 R软件的安装
1.2.3 RStudio的安装
1.3 RStudio的设置和使用
1.3.1 RStudio界面
1.3.2 RStudio设置
1.3.3 使用RStudio Project管理工作目录
1.3.4 使用脚本管理代码
第2章 函数、参数和R包
2.1 函数和参数
2.1.1 区分函数、形式参数和默认参数
2.1.2 形式参数
2.1.3 默认参数
2.1.4 学会查询函数的帮助文档
2.1.5 自定义函数编写和使用
2.2 R包的安装
2.2.1 R包的来源及安装方式
2.2.2 检查R包是否安装成功
2.2.3 设置镜像
2.2.4 指定版本R包的安装
2.2.5 GitHub的R包的离线安装
2.2.6 避免重复安装
2.2.7 批量安装包
2.3 R包的使用方法
2.3.1 加载后使用
2.3.2 显式指定出自x包的x函数
2.3.3 获取R包与函数帮助信息
2.4 R包常见的问题及解决办法
2.4.1 报错：package "xxx" is not available
2.4.2 报错：there is no package called "xxx"
2.4.3 报错：x.x.x is already loaded,but x.x.x is required
2.4.4 报错：object xxx is not exported by xxx
2.4.5 报错：'make' not found
2.4.6 报错：make: /opt/gfortran/bin/gfortran: No such file or directory
2.4.7 报错：Permission denied
2.4.8 报错：The specified module could not be found.
2.4.9 网络问题
2.4.10 经常被误解的问题
第3章 数据管理
3.1 变量
3.1.1 变量的赋值与查看
3.1.2 变量的命名
3.1.3 变量的使用
3.2 数据类型
3.2.1 数据类型介绍
3.2.2 数据类型的判断
3.2.3 数据类型的转换
3.2.4 异常数据
3.3 数据结构之向量
3.3.1 向量的生成方式
3.3.2 单个向量的运算
3.3.3 两个向量的运算
3.3.4 向量取子集
3.3.5 元素修改
3.4 数据结构之数据框
3.4.1 创建数据框
3.4.2 数据框的属性
3.4.3 数据框取子集
3.4.4 数据框的修改
3.4.5 两个数据框的拼接
3.5 数据结构之矩阵
3.5.1 创建矩阵
3.5.2 矩阵的属性
3.5.3 矩阵取子集
3.5.4 矩阵的修改
3.5.5 两个矩阵的拼接
3.5.6 常用函数
3.6 数据结构之列表
第4章 数据读写
4.1 文件读取技巧
4.1.1 文件存放位置
4.1.2 不推荐使用绝对路径
4.1.3 文件格式和分隔符
4.2 R语言原生读取和导出的方式
4.2.1 R语言原生读取和导出函数介绍
4.2.2 R语言原生的读取函数
4.2.3 文件读取示例
4.3 优化的读取和导出方式
4.3.1 readr包的应用
4.3.2 data.table包的应用
4.3.3 rio包的应用
4.4 多种读取方法比较
4.5 复杂示例解读
4.5.1 基因表达芯片平台的注释文件
4.5.2 TCGA的RNAseq counts文件
4.5.3 基因表达芯片数据的表达矩阵文件
第5章 R语言作图
5.1 R基础包
5.1.1 高级绘图函数
5.1.2 低级绘图函数
5.2 利用ggplot2作图
5.2.1 ggplot2的基本语法
5.2.2 设置图片属性
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