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化学信息学(第三版)

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商品详情

书名:化学信息学(第三版)
定价:59.0
ISBN:9787030369048
作者:邵学广,蔡文生
版次:3
出版时间:2013-03

内容提要:
本书介绍了Internet上化学资源的使用方法,并对化学信息学方法及其在化学、生物化学、药物化学等领域中的应用进行了详细论述。本书共10章,包括联机文献检索、网络图书与网络期刊、数据库资源、化学信息资源查询、化学信息的计算机表示与建模、计算机辅助结构解析与合成设计、分子模拟、进化计算与优化算法、小波分析、多元校正与因子分析。

目录:
目录
第三版前言
第二版前言
**版前言
第1章 联机文献检索 1
1.1 美国化学文摘 1
1.1.1 美国化学文摘和SciFinder简介 1
1.1.2 Sc1Finder的著录内容与格式 2
1.1.3 SciFinder的功能与使用方法 6
1.2 Web of Science 11
1.2.1 Web of Science简介 11
1.2.2 Web of Science的著录内容与格式 12
1.2.3 Web of Science的功能与使用方法 13
1.2.4 ISI Web of Know1edge的其他功能 18
1.3 Ei Vi11age 19
1.3.1 Ei Vi11age简介 19
1.3.2 Ei Vi11age的著录内容与格式 20
1.3.3 Ei Vi11age的功能与使用方法 21
1.4 期刊全文数据库 24
1.4.1 ScienceDirect 24
1.4.2 ACS Pub1ications 27
1.4.3 RSC Pub1ishmg 29
1.4.4 SprmgerLmk 30
1.4.5 Wi1ey On1me Library 31
1.5 国内学术期刊数据库 32
1.5.1 CNKI 32
1.5.2 中文科技期刊数据库 34
1.5.3 万方数据知识服务平台 35
1.6 其他文献检索系统简介 36
1.7 专利文献查询 39
1.7.1 专利文献数据库 39
1.7.2 专利文献检索 40
上机训练与习题 45
第2章 网络图书与网络期刊 46
2.1 网上图书馆 46
2.1.1 图书馆主页 46
2.1.2 WWW虚拟图书馆 47
2.2 网上书店 49
2.3 网络期刊 50
2.4 数字化图书 52
2.5 出版商主页 53
上机训练与习题 54
第3章 数据库资源 55
3.1 晶体结构数据库 55
3.1.1 剑桥结构数据库 55
3.1.2 蛋白质数据库 57
3.1.3 核酸数据库 58
3.2 波谱数据库 61
3.2.1 NIST Chemistry WebBook 61
3.2.2 化合物谱图数据库 64
3.3 网上化学于册 67
3.3.1 化学元素周期表 67
3.3.2 化合物基本性质数据库 69
3.3.3 物理化学常数 70
上机训练与习题 71
第4章 化学信息资源查询 72
4 1 查询 72
4.2 导航 77
4.3 ChIN简介 78
4.4 商业信息 81
4.5 化学机构信息 83
上机训练与习题 84
第5章 化学信息的计算机表示与建模 85
5.1 化合物结构编码 85
5.1.1 线型编码 85
5.1.2 ZXLN线型编码 86
5.1.3 内部表示 87
5.2 分子图形学 88
5.3 分子描述符 93
5.4 定量构效关系 95
5.4.1 基本方法 95
5.4.2 应用举例 96
上机训练与习题 98
第6章 计算机辅助结构解析与合成设计 100
6 1 化学信息数据库 100
6.1.1 数据库系统的构成 100
6.1.2 数据模型和数据库的类型 101
6.1.3 数据库的存取过程 101
6.1.4 化学信息数据库 102
6.2 化学人工智能与专家系统 105
6.2.1 人工智能 105
6.2.2 专家系统 105
6.2.3 知识库 106
6.2.4 推理方法 109
6.3 计算机辅助结构解析 111
6.3.1 结构解析系统的构成 111
6.3.2 结构解析的工作过程 112
6.3.3 结构解析中的有关技术 112
6.4 计算机辅助合成设计 114
6.4.1 计算机辅助有机合成 114
6.4.2 计算机辅助分子设计 121
上机训练与习题 124
第7章 分子模拟 126
7.1 量子力学 126
7.1.1 基本理论 126
7.1.2 Gaussian软件 129
7.1.3 应用举例 133
7.2 分子力学 136
7.2.1 分子力场 136
7.2.2 应用举例 142
7.3 分子动力学 144
7.3.1 基本方法 144
7.3.2 软件 145
7.3.3 应用举例 148
7.4 波谱模拟 153
7.4.1 1H-NMR谱的量子化学模拟 153
7.4.2 12C-NMR谱的计算机模拟 156
上机训练与习题 161
第8章 进化计算与优化算法 162
8.1 人工神经网络 162
8.1.1 模型 162
8.1.2 学习算法 164
8.1.3 应用举例 167
8.2 遗传算法 168
8.2.1 自然进化与遗传算法 169
8.2.2 基本过程 170
8.2.3 遗传算法的发展 172
8.2.4 应用举例 175
8.3 模拟退火算法 178
8.3 1 固体退火与模拟退火算法 178
8.3.2 基本过程 180
8.3.3 模拟退火算法的发展 182
8.3.4 退火演化算法 183
8.3.5 应用举例 187
8.4 免疫算法 191
8.4.1 基本原理 191
8.4.2 免疫优化算法 192
8.4.3 一种用于重叠信号解析的免疫算法 195
8.5 其他优化算法简介 199
8.5.1 蚁群算法 199
8.5.2 粒子群优化算法 201
上机训练与习题 203
第9章 小波分析 205
9.1 小波及小波分析 205
9.1.1 小波的定义 205
9.1.2 傅里叶变换 206
9.1.3 小波变换 208
9.2 小波分析的基本算法 209
9.2.1 多尺度分析 209
9.2.2 多尺度信号分解(MRSD)算法 210
9.2.3 MRSD算法的改进 212
9.2.4 小波包变换 213
9.3.小波分析的程序设计 214
9.3.1 Matlab工具箱 214
9.3.2 WaveLab简介 215
9.3.3 MRSD算法的程序设计 216
9.3.4 连续小波变换的程序设计 219
9.3.5 小波包分析的程序设计 221
9.4 小波分析的应用 222
9.4.1 数据压缩 222
9.4.2 平滑和滤噪 224
9.4.3 背景扣除与基线矫正 227
9.4.4 近似导数的计算 228
9.4.5 重叠信号解析 230
9.4.6 谱图分辨率的改善 231
9.4.7 小波分析的其他应用 232
上机训练与习题 233
第10章 多元校正与因子分析 235
10.1 引言 235
10.1.1 化学计量学 235
10.1.2 多元校正与分辨 236
10.1.3 因子分析 236
10.2 数据矩阵的构成 237
10.2.1 二维色谱数据 237
10.2.2 三维荧光光谱数据 238
10.2.3 多组分光度分析数据 238
10.2.4 配合物体系的研究 239
10.3 间接校正方法 239
10.3.1 K-矩阵法 240
10.3.2 P-矩阵法 242
10.4 主成分分析 243
10.4.1 原理 243
10.4.2 应用举例 245
10.5 主成分回归 246
10.6 偏*小二乘回归 249
10.6.1 原理 249
10.6.2 算法 250
10.6.3 应用举例 251
10.7 化学因子分析 252
10.7.1 基本步骤 252
10.7.2 目标因子分析 253
10.7.3 秩消因子分析 256
10.7.4 渐进因子分析 256
10.7.5 窗口因子分析 259
10.7.6 启发渐进式特征投影 261
10.8 高阶校正方法简介 264
上机训练与习题 267
主要参考文献 268

在线试读:
**章 联机文献检索
  通过Internet 进行文献联机检索是指通过联机方式,根据用户提供的信息(关键词、作者等)给出相关的文献信息,如论文题目、期刊名称、卷、页、摘要甚至全文。目前已有许多文献检索系统,如Weh of Science、美国化学文摘CCA)以及一些专业性更强的专业文献系统。
  访问这些文献系统一般有两种方式,即远程登录和WWW 浏览,目前主要以WWW 方式为主。对于免费系统,可从Internet 或通过其他途径得到有关信息,自由地使用;但对于收费系统,只有在交费后得到有关的账号和密码才能获得使用权限。目前一般是由所在单位统一订阅供本单位的用户使用。
  1.1 美国化学文摘
  1.1.1 美国化学文摘和SciFinder简介
  美国化学文摘(Chemical Abstract ,简称CA)是由美国化学会(American Chemical Society)化学文摘服务社(Chemical Abstract Service ,简称CAS)于1907年创办的文摘系统。开始以印刷版出版发行,1967年以前,每半月一期,每年一卷,后来改为每周一期,每年两卷。随着计算机和Internet 的发展,逐步形成了光盘版CCA on CD) 和网络版。
  CA的主要特点是它的文摘详细、客观地报道化学化工文献,文摘质量高,不加任何评论,报道的内容包括文献的研究目的和范围,新化学反应、化合物、材料、工艺、程序、工具和资源,新知识的应用,以及观察的结果和作者的解释与结论;收录的范围广泛,系统、全面地收录世界上化学化工方面98%的文献,其中70%的文献来自美国以外的国家和地区,共收录150多个国家或国际组织的56种文字出版的14000余种出版物,包括期刊文献、会议文献、专利文献、学位论文、图书文献和科技报告等;另外,CA的使用非常方便,在印刷版中有各种卷索引、五年累积索引、十年累计索引、八十年累积索引等。CA的全部文献分为5 部分80类,其中生物化学部分为1~20类,有机化学部分为21~34类,大分子部分为35~46类,应用化学与化学工程部分为47~64类,物理化学、无机化学和分析化学部分为65~80类。所收录的文摘按类别编排,每一个文摘拥有一个文摘号。
  CA的电子出版物始于1969年,当时的计算机发展水平还比较落后,采用磁带作为记录载体,但实现了化学文献的自动、高效检索,推动了文献检索的发展。随着计算机水平的提高,采用了光盘作为记录材料,形成了CA 的光盘版,即CA on CD。CA 的网络版则是随着Internet 的发展而建立起来的新的文献检索方式,先后开发了基于客户端软件的SciFinder Scholar 和基于网络访问的SciFinder Web 版。2012年底,SciFinder Scholar 的客户端服务已经停止,目前主要是通过SciFinder Web 版进行服务。光盘版和网络版的使用给化学文献的检索提供了更为方便的方式,不仅检索方式灵活多样,更重要的是可以系统、全面地进行检索。
  SciFinder Web版整合了Medline医学数据库、欧洲和美国等50 多家专利机构的全文专利资料以及化学文摘1907年至今的所有内容。它涵盖的学科包括应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等多领域。它可以透过网络直接查看CA 1907年以来的所有期刊文献和专利摘要以及七千多万的化学物质记录和CAS 注册号。
  SciFinder可检索的数据库包括:
  CAplus(3600万条参考书目记录,包含185个国家以及50多种语言的参考文献,始自1907年)
  CAS REGISTRY(6800万种****的有机和无机物质,每天更新约15000条,每种化学物质有**对应的CAS 注册号,始自1800年)
  CASREACT(4710万条反应记录,每周更新约150000条,始自1840年)
  CHEMCATS(7000万条商业化学物质记录,来自990多家供应商的1125 多种目录)
  CHEMLIST(29.6万种管制品化合物的详细清单,每周更新约50条)
  CIN(169万条*新商业新闻的详细记录,始自1974年)
  MARPAT(93.9万种已公开的Markush 结构,超过385000条包含Markush结构专利的参考文献,每周更新60~75 条参考专利及150~200个Markush 结构,始自1988年)
  SciFinder 具有多种先进的检索方式,如化学物质、化学结构式、Markush结构式和化学反应式检索等。
  1.1.2 SciFinder的著录内容与格式
  1 .期刊文献的著录内窑与格式
  期刊文献的著录内容如图1-1所示,主要包括上部的链接部分、中部左侧的文献信息、中部右侧的期刊和录入信息以及下部的文献引用信息。
  顶部:涉及的物质链接(Get Substances)、涉及的反应链接(Get Reaction)、引用文献链接(Get Cited)、引用本文献的文献链接(Get Citing)、全文链接(Full Text)等。
  左侧:文献标题、作者姓名、摘要内容、主题名称(CA 分类号)、涉及的主要概念(Concepts)、涉及的主要物质(Substances)等。
  右侧:文献来源、出版物类型及出版时间、CODEN代码、ISSN编号、DOI编号、作者所在机构及地址、登录号(Accession Number)、出版商、语种。某些文献的著录内容中还包括CA交叉参考(cross-reference)分类号。
  下部(图中未显示):附加术语(Supplementary Terms)和施引文献(Citations)。在施引文献清单中还提供了超级链接,可以直接查看施引的文献。这个功能对实现文献之间的交叉检索具有重要意义。
  2 .图书文献的著录内容与格式
  图书文献的著录内容如图1-2所示。内容分左右两部分显示。
  图1-1 期刊文献的著录结果的内容与格式
  图1-2 图书文献的著录结果的内容与格式
  左侧:文献标题、作者/编辑姓名、主题名称CCA分类号)、涉及的主要概念(Concepts)、附加术语(Supplementary Terms)。
  右侧:出版物页数、出版物类型及出版时间、ISBN编号、DOI编号、作者所在机构及地址、登录号(Accession Number)、出版商、语种。
  在某些图书文献的著录内容中还包括原文语种的书名的拉丁译音、定价等。另外,对于图
  书光盘和多媒体形式的图书,在著录格式上稍有不同。
  3 .会议资料文献的著录内容与格式
  会议资料文献的著录内容如图1-3所示。内容分左右两部分显示。
  图1-3 会议资料文献的著录结果的内容与格式
  左侧:文献标题、作者姓名、摘要内容、主题名称CCA分类号)、所涉及的主要概念(Concepts)等。
  右侧:文献来源、出版物类型及出版时间、CODEN代码、作者所在机构及地址、登录号(Accession Number)、出版商、语种。
  4 .学位论文的著录内容与格式
  学位论文的著录内容如图1-4所示。内容分左右两部分显示。
  左侧:文献标题、作者姓名、主题名称CCA分类号)及CA交叉参考(cross reference)分类号、所涉及的主要概念(Concepts)等。
  右侧:出版物页数、出版物类型及出版时间、作者所在机构及地址、登录号(Accession Number)、出版商、语种。
  5 .专利文献的著录内容与格式
  专利文献的著录内容如图1-5所示。内容分左右两部分显示。
  左侧:文献标题、作者姓名、代理人(Assignee)、摘要内容、专利信息、主题名称(CA分类号)以及CA 交叉参考(cross reference)分类号、所涉及的主要概念(Concepts)、所涉及的主要物质(Substances)等。
  图1-4 学位论文的著录结果的内容与格式
  图1-5 专利文献的著录结果的内容与格式
  右侧:专利公开日期、编号和种类、申请日期以及编号、优先权申请编号以及日期、出版物来源、出版物页数、出版物类型及出版时间、CODEN 代码、登录号(Accession Number)、语种。
  6 .技术报告的著录内容与格式
  技术报告的著录内容如图1-6所示。内容分左右两部分显示。
  图1-6 技术报告的著录结果的内容与格式
  左侧:文献标题、作者姓名、摘要内容、主题名称CCA分类号)以及CA交叉参考(crossreference)分类号、所涉及的主要概念(Concepts)、所涉及的主要物质(Substances)等。
  右侧:文献来源、出版物类型及出版时间、CODEN代码、ISSN编号、作者所在机构及地址、登录号(Accession Number);语种。
  值得注意的是,SciFinder的著录内容并不是固定不变的,只显示文献中涉及的内容。例如,如果该文献不涉及特定的化合物,则不显示“涉及的主要物质(Substances)”栏目。在某些文摘内容中还提供相关文献的超级链接,以便直接访问。
  1.1.3 SciFinder的功能与使用方法
  SciFinder一般通过订阅单位提供的网址进人。在使用之前必须先注册个人账号,然后以个人账号的用户名和密码登录。首次登录时需要同意该系统的一些使用规范。
  进入SciFinder系统以后,显示如图1-7 所示的页面。该系统提供了检索文献、化学物质以及化学反应的渠道(“Explore”,即“ Explore References”、“ Explore Substances”和“ Explore Reactions”。这里只介绍文献检索(“Explore References”)部分,共有6种检索方式,即主题检索(Research Topic)、作者检索(Author Name)、公司检索(Company Name)、文献识别码检索(Document Identifier)、期刊检索(Journal)和专利检索(Patent)。
  1 .主题检索
  SciFinder的默认页面是主题检索(Research Topic)界面。本界面有六个部分。其中,“ Research Topic”后的文本框用于填写所要检索的主题,“Publication Year(s)”文本框用于填写文献发表的年份,“Document Type(s)”多选框用于选择文献的类型,“ Language(s)”多选框用于选择文献的语言种类,“Author Name”文本框用于填写作者的姓、名和中间名,“Company Name”后的文本框用于填写公司名称。当任意一个或多个检索条件确定后,即可点击“ Search”按钮进行相关文献的检索。
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