本书介绍了进行蛋白质分子动力学模拟所需学习的基础知识，包括：蛋白质分子的结构与功能、分子动力学模拟原理；简单介绍了生物分子系统常用的模拟软件，学习和应用软件的基本信息和技能；通过4个项目实例讲解了进行分子动力学模拟的过程，包括：离子通道蛋白分子模拟实例分析（全原子模拟）、生物酶结构及稳定性模拟实例（全原子模拟）、易位子转运蛋白过程机理模拟实例分析（粗粒化模拟）、纳米材料吸附PD_1单抗体系设计；最后是蛋白质结构预测与分子设计研究展望。本书对蛋白质分子体系的分子动力学模拟研究进行了系统性介绍，通过实例的详细讲解使读者初步掌握蛋白质分子动力学模拟的实施和分析方法，特别适合计划开展蛋白质分子动力学模拟研究的研究生和实验研究工作者。