《<金匮要略>索隐》一书共分为文献导读、原文、校勘、释难、名家评注、类方参要、按语等七个模块，考证了《金匮要略》与早期简帛医方类文献之间的渊源关系，力图为《金匮要略》这一医学经典原貌的“古典学重建”做出新探索；并以传世晋唐经方类文献为凭借，析仲景方论流传，从经方医学发展源流的角度出发，持续强化仲景对经方医学的贡献与影响。其中，“文献导读”，即选择与《金匮》内容相关的出土文献或传世文献，以观仲景对早期医药知识的继承与发展；“《金匮》原文”部分以明洪武吴迁抄本为底本；“校勘”部分则以《脉经》《医心》《外台》《千金》为参校本；“释难”部分对疑难字词与古今病名异同进行了解释；“名家评注”部分选择了2～3条古今中外医家的注释，并进行评议；“类方参要”部分则从晋唐医书中选取与《金匮》相关的内容，对《金匮》所涉疾病的病因、病机、治法方剂进行补充，并结合本草考古、考证的新研究成果，考察《金匮》所用药物的基本原则等相关问题。